蚌埠医学院应用化学研究所于2013年11月恢复成立，研究所成员以高级职称和高学历教师为主，目前已形成几支具有创新意识和创新能力的科研团队，发表高水平SCI论文三十余篇（《Science》2篇），主持和参加国家级和省级科研课题二十余相。蚌埠医学院应用化学研究所目前已形成了具有一定特色和优势的研究方向：（1）药物中间体合成和工艺研究；（2）天然药物活性成分现代分离技术；（3）天然药物活性成分结构修饰与改造。应用化学研究所应结合学校发展实际，通过基础研究和应用研究的相互促进作用，不断提高科研水平和教学水平，2019年支持学校获批制药工程二级学科硕士研究生学术学位授权点，2020年支持学校获批生物与医药学科硕士研究生专业学位授权点，促进了制药工程专业和生物与医药学科建设。

蚌埠医学院应用化学研究所努力秉承光荣传统，打造好坚实的基础性研究和应用性研究平台，凝练学科和专业特色，不断提高学科建设水平，积极通过产学研合作，实现校企互动，本着“优势互补、资源共享、互惠双赢、共同发展”的原则，与地方制药企业建立长期、紧密的合作关系，加强教学、科研及人才培养与地方经济社会发展的紧密合作，更好地为地方经济建设和学校发展服务。